За прошедшее десятилетие миру стало известно о существовании магии. Мир перетерпел огромное потрясение. Тем не менее, мальчик по имени Тоута, живущий в сельском городке, далек от этих потрясений. Его обычная жизнь выделяется своей магией, он получает поддержку от учительницы и друзей. Однажды, его спокойной повседневной жизни приходит конец, вот тут-то и начинается удивительное приключение. События манги происходит много лет спустя окончания Mahou Sensei Negima! (Учитель-чародей Нэгима)!, где Неги Спрингфилд является почившим дедушкой главного героя, а его учительница - Евангелина МакДауэлл.