Шуичи Инаба — главный герой манги, студент специальной школы для одаренных подростков и один из пользователей новейшего популярного приложения «Алиса в виртуальной стране». Это приложение, которое позволяет пользователям общаться с персонажем, как с обычным человеком. Когда на некоторых учеников из его школы нападает таинственный преступник, Шуичи решает выяснить кто это. В своем расследовании он натыкается на особый вид программы под названием «Алиса». «Алиса» может помочь ему, но в обмен на помощь нужно рассказать ей то, что он никому и никогда не рассказывал - свою самую сокровенную тайну.