Действие происходит в будущем, там где население земли разделилось на две части. Меха,люди не ощущающие ни голода, ни мороза, с механическими телами, и способные жить(существовать) тыщу лет, живут вМегаполисе — накрытым куполом, супер современном городке со всеми удобствами и неестественным климат контролем.Другие же — бедняки, неспособные приобрести на меха-тело, — обязаны вести существование за пределами купола, в тяжелейших условиях и без какой либо охраны от мехарей, которые иногда охотятся на людей просто ради забавы.
Основной герой нашей манги, паренек с именем Хосино Тэцуро, ранее потерявший своих родителей. Он обещает помирающей маме не взирая ни на что достать себе меха-тело и жить долго и счастливо. Для этого ему необходимо надыбать билет на Галактический Экспресс 999 — легендарный и знаменитый космический поезд, раз в год отправляющийся с Земли нашей на Андромеду(ближайшая галактика к Млечному Пути, кстати в которой живем Мы с Вами), где как говорят слухи, можно бесплатно раздобыть мехатело(механизироваться). И здесь ему сталкивается загадочная дама с именем Мэйтел и дает ему билет с единственным условием — он обязан поехать вместе с ней. Тэцуро, невзирая на всю аномалию таковой просьбы, соглашается. И вот, так наступает его нескончаемое странствие чрез звёзды и планеты. И никто не знает, что ожидает его далее. Спереди — лишь разливающийся в бесконечность океан блещущих звёзд. . .
От известного сериала-экранизации манга различается достаточно сильно: присутствием неизвестных созерцателю сцен, а иногда и целые истории. Еще характеры персонажей иногда различаются и общий настрой более мрачный.

Связанная манга:
1. Galaxy Express 999 (1977)
2. Galaxy Express 999 Eternal Fantasy (1997)
3. Galaxy Express 999 Another Story: Ultimate Journey (2018)