Манга основана на игре. Действие происходит на альтернативной Земле, которая находится под контролем инопланетных захватчиков.
Такеру просыпается в своей комнате спустя 3 года после событий, описанных в MuvLuv Unlimited. Поначалу он думает, что все, что с ним было это всего лишь сон, но выйдя за пределы дома, постепенно приходит осознание того, что это не так. Выясняется, что его отбросило назад во времени до начала событий MuvLuv Unlimited. Не желая с этим мириться, Такеру спешит к профессору Кодзуки, чтобы помочь с ее исследованиями в спасении человечества.

Связанная манга:
1. Muv-Luv Unlimited (2005)
2. Muv Luv Alternative (2008)
3. Muv Luv Alternative: TOTAL ECLIPSE (2009)